В 1990 году, в преддверии столетия со дня рождения М.А. Булгакова, по инициативе ряда творческих союзов, деятелей культуры и искусства в России был учрежден Фонд им. М.А. Булгакова в статусе общественной организации. Председателем Фонда была избрана Мариэтта Омаровна Чудакова. В 1994 году мемориальная квартира писателя по адресу Москва, ул. Большая Садовая, д. 10, № 50, находившаяся в аварийном состоянии, была официально передана Фонду им. М.А. Булгакова под руководством Чудаковой.
Важнейшей своей целью Фонд считал сохранение мемориальной квартиры Булгакова для российского общества с обязательным свободным доступом в определенные часы всех желающих. Было приложено немало усилий — и это удалось. В стенах квартиры небольшой коллектив энтузиастов, состоявший в основном из творческой молодежи, под руководством исполнительного директора Фонда И.О. Мишиной вел большую культурную, исследовательскую и просветительскую деятельность — все на общественных началах.
Здесь проходили театрализованные представления, научные конференции, литературные вечера, художественные и фотовыставки, музыкальные концерты. Доступ в квартиру был свободным. И в мае 2007 года в мемориальной квартире М.А. Булгакова (объединившей квартиры 50 и 41) по Большой Садовой, дом 10, по инициативе Департамента культуры города Москвы был учрежден первый в России Государственный музей М.А. Булгакова. Основу экспозиции составили ценные мемориальные предметы семейного архива, переданные племянницами писателя: доктором филологических наук Е.А. Земской (1926—2012) и кандидатом химических наук В.М. Светлаевой (1929—2014) — на временное хранение В.Ф. Дименко для дальнейшей передачи в будущий музей писателя, а также коллекция Благотворительного фонда им. М.А. Булгакова, зарегистрированного В.Ф. Дименко в конце 2007 года. В марте 2008 года Закупочной комиссией, состоящей из сотрудников музея и Департамента культуры Москвы, был подписан Акт о передаче музею гр-кой Дименко всех вышеназванных предметов, которые и должны были стать музейным фондом.
В 2009 году фонды музея значительно пополнились мемориальными экспонатами — предметами мебели и вещами из последней квартиры писателя в Нащокинском переулке, дом № 3/5, поступившими в музей от семьи Л.К. Тарасевича, который был близким другом вдовы писателя Елены Сергеевны и одноклассником ее младшего сына.
Попечительский совет фонда
1. Чудакова Мариэтта Омаровна, член Европейской академии, профессор Литературного института им. Горького — председатель Попечительского совета.
2. Смелянский Анатолий Миронович, доктор филологических наук, булгаковед, Президент Школы-студии МХАТ.
3. Горяева Татьяна Михайловна, доктор исторических наук, директор РГАЛИ.
4. Колганова Ада Ароновна, директор Российской государственной библиотеки искусств.
5. Бунимович Евгений Абрамович, поэт, педагог, публицист, общественный деятель, Уполномоченный по правам ребенка в г. Москве.
6. Немцев Владимир Иванович, доктор филологических наук, булгаковед, профессор Педагогического университета (г. Самара).
7. Сванидзе Николай Карлович, историк, тележурналист.
8. Раков Алексей Александрович, кандидат исторических наук, доцент кафедры экономической методологии и истории НИУ ВШЭ, заместитель директора ИАИ РГГУ, доцент кафедры истории России новейшего времени ИАИ РГГУ.
9. Асс Евгений Викторович, российский архитектор и художник, профессор МАРХИ.
10. Волина Галина Адольфовна, вице-президент МБОФ «Фарватер», заместитель председателя Попечительского совета Музея М.А. Булгакова по организационным вопросам.
На 5-ом заседании Попечительского совета Государственного музея М.А. Булгакова 14 января 2014 года в числе обсуждаемых вопросов был определены изменения в составе ПС.
Из состава Попечительского совета были выведены два его члена — Елена Андреевна Земская и Варвара Михайловна Светлаева, племянницы Булгакова, в связи с их кончиной.
В состав Попечительского совета были введены три новых члена: Алексей Александрович Раков, Сергей Григорьевич Боровиков и Евгений Викторович Асс.
Из состава членов Попечительского Совета был исключен М.Б. Шапошников.