Булгаков работал над своим главным романом больше десяти лет без особой надежды на его публикацию. 15 июня 1938 года он пишет своей жене Елене Сергеевне: «Передо мною 327 машинописных страниц (около 22 глав). <...> "Что будет?" — ты спрашиваешь. Не знаю. Вероятно, ты уложишь его в бюро или в шкаф, где лежат убитые мои пьесы, и иногда будешь вспоминать о нем». По воспоминаниям Елены Сергеевны, Булгаков нередко интересовался у друзей, которым читал главы из романа, можно ли, по их мнению, его опубликовать — и неизменно получал отрицательный ответ.
За пять месяцев до смерти Михаил Афанасьевич составил завещание, согласно которому забота о рукописях поручалась наследнице — Елене Сергеевне Булгаковой. Перед самой смертью писатель почти потерял речь. Однажды, когда он был особенно неспокоен, Елена Сергеевна наудачу спросила: «"Мастер и Маргарита"? Он, страшно обрадованный, сделал знак головой, что «да, это». И выдавил из себя два слова: "Чтобы знали, чтобы знали"». Именно тогда Е.С. Булгакова поклялась мужу издать роман. В её дневнике с 6 на 7 марта записано: «...Я сказала ему наугад... — Я даю тебе честное слово, что перепишу роман, что я подам его, тебя будут печатать».
Свое обещание она выполнила: роман был перепечатан ею на машинке с учетом предсмертной правки в том же 1940-м — в год смерти Булгакова, и позже — в 1963 году. На доработку «Мастера и Маргариты» вдова писателя потратила более двадцати лет. По словам литературоведа Георгия Лесскиса, текст, подготовленный ею, содержит, несмотря на тщательное редактирование, определенные расхождения — это касается цвета берета Воланда, имени швейцара в ресторане «Грибоедов» и некоторых других деталей, «которые чаще всего читателями не замечаются».
Елена Сергеевна несколько раз пыталась напечатать роман. В 1940 году она подготовила сборник избранных произведений, в предисловии к которому друг Михаила Булгакова литературовед Павел Попов рассказал о «Мастере и Маргарите» как о романе, в котором «реальное и фантастическое переплетаются в самых неожиданных формах». Однотомник так и не вышел в свет; статья Попова впервые была опубликована в 1991 году в книге «Я хотел служить народу...», изданной к 100-летию со дня рождения Булгакова.
Литературовед Владимир Лакшин упоминает, что в 1946 году, через 6 лет после смерти Булгакова, Елене Сергеевне удалось «через знакомую портниху» передать письмо с просьбой о публикации помощнику Сталина Александру Поскребышеву, тот посоветовал обратиться в Гослитиздат. Однако вскоре появилось постановление оргбюро ЦК ВКП(б) «О журналах "Звезда" и "Ленинград"», затронувшее судьбы Михаила Зощенко, Анны Ахматовой и других литераторов; это событие заставило издателей быть осторожными и реагировать на вопрос о публикации «Мастера и Маргариты» словами «Не время...»
Ситуация начала меняться в начале 1960-х годов, в эпоху «хрущевской оттепели». В 1962 году в издательстве «Молодая гвардия» напечатали книгу Булгакова «Жизнь господина де Мольера»; в справке, сопровождавшей роман, Вениамин Каверин упомянул о «Мастере и Маргарите» как о произведении, в котором «невероятные события происходят в каждой главе», и заявил, что роман «давно пора издать, потому что по своеобычности едва ли найдется ему равный во всей мировой литературе».
Примерно в то же время молодой аспирант Абрам Зиновьевич Вулис из Ташкента писал кандидатскую диссертацию на тему: «Советский сатирический роман: Эволюция жанра в 20—30-е годы» и искал материал. Ему хотелось блеснуть. Он копался в библиотеках и разыскал «Зойкину квартиру» и «Багровый остров» Михаила Булгакова. Он узнал, что вдова писателя Елена Сергеевна жилвет в Москве, и в 1962 году приехал в столицу и буквально напросился на встречу с ней. Он сумел убедить Елену Сергеевну дать прочитать неопубликованные произведения писателя. Содержание нескольких глав «Мастера и Маргариты» попало в диссертацию Вулиса, опубликованную в Ташкенте. О романе заговорили.
Поддержанная Константином Симоновым попытка Вулиса опубликовать книгу в одном из приложений к журналу «Огонек» не удалась, но прибавила «Мастеру и Маргарите» известности в литературных кругах. В 1966-м писатель и поэт Константин Симонов предлагает роман журналу «Москва», в то время этот толстый журнал числился областным, и внимание к нему со стороны ЦК было меньшим, чем к общесоюзным изданиям. Когда Симонов предложил ознакомиться с рукописью главному редактору «Москвы» Евгению Ефимовичу Поповкину, тот принял решение о его публикации. Роман был напечатан в журнале в сокращенном виде (из него было вырезано порядка 14 000 слов, а это 12% текста романа) в № 11 за 1966-й и № 1 за 1967 год), публикацию снабдили одобрительным предисловием Константина Симонова и послесловием Абрама Вулиса.
В журнальной публикации не было ставшей крылатой фразы Воланда про квартирный вопрос, испортивший москвичей, шахматной партии с Бегемотом, похищения головы Берлиоза, рассказа о королевской крови в жилах Маргариты, разгрома в валютном магазине, превращения Николая Ивановича в борова, реплики вагоновожатой «С котами нельзя»... Из романа полностью были вымараны любые намеки на репрессии, к примеру, подробности того, как из «нехорошей» квартиры стали пропадать люди, травля Мастера после публикации фрагмента романа о Пилате, сон Никанора Босого, в котором у него требуют сдать валюту и многое другое.
Вдова писателя Елена Булгакова после публикации романа в журнале передала за рубеж полный текст книги и пустила в самиздат машинопись всех цензурных изъятий с указанием строк и слов, после которых их нужно вставить. Второй вариант предназначался советским читателям, у которых была журнальная версия публикации. Год спустя в эстонском издательстве «Ээсти раамат» было предпринято первое отдельное издание «Мастера и Маргариты» в СССР — на эстонском языке. В 1967 году в Париже издательство YMCA-Press выпустило в свет первое бесцензурное издание романа, а в 1969 году во Франкфурте-на-Майне роман был издан беспрецедентным образом: купюры, сделанные в ходе его публикации в журнале «Москва», были набраны курсивом. Вслед за этим изданием роман был опубликован другими издательствами на русском языке и в переводах, получил всемирное признание, и только на родине писателя полный текст романа оставался неизвестен читателям.
В СССР полный текст романа «Мастер и Маргарита» был напечатан в 1973 году, через три года после смерти Елены Сергеевны, в составе однотомника Булгакова, выпущенного издательством «Художественная литература» тиражом 30 000 экземпляров. Этому событию предшествовал выход Постановления секретариата ЦК КПСС «О переиздании художественных произведений М. Волошина, О. Мандельштама, Вяч. Иванова, Н. Клюева, М. Булгакова и других писателей 20-х годов» от 7 июня 1972 года, имевшего гриф «Совершенно секретно». В документе говорилось, что книги указанных писателей и поэтов предполагается выпустить в 1973—1975 годах «ограниченными тиражами», с обязательными «вступительными статьями и комментариями, дающими марксистско-ленинскую оценку творчества автора.
Однако в этом издании была нарушена предсмертная воля Булгакова, который передал Е.С. Булгаковой все авторские и редакторские права на роман. Редактор издания А. Саакянц создала новый текст, в котором, как отмечают исследователи (Г. Лесскис), наблюдается свыше трех тысяч разночтений по сравнению с текстом, подготовленным вдовой писателя. И хотя текстологи (Л. Яновская) считают, что, расшифровывая предсмертную авторскую правку, Е.С. Булгакова не во всем руководствовалась его волей и в тексте остались некоторые противоречия, тем не менее никто, кроме нее, имевшей на это юридические и моральные основания, не мог править роман. Издание 1989 года дало еще один вариант текста романа, впоследствии опубликованный и в пятитомном собрании сочинений издательства «Художественная литература». Он соединяет редакцию Е.С. Булгаковой с редакцией 1973 года и по-прежнему оставляет немало вопросов.
Текстологические проблемы «Мастера и Маргариты» связаны прежде всего с тем, что Булгаков вплоть до последних месяцев жизни продолжал править свой «закатный роман» (и можно предположить, что, останься он жив, этот процесс продолжился бы). Многослойная правка (и та, что вносилась рукой автора в машинописную редакцию 1938 года, и та, что записана под его диктовку во время болезни) была известна только Е.С. Булгаковой. Только она в своей редакторской работе располагала всеми материалами. К моменту выхода в свет издания 1973 года одной из двух тетрадей с предсмертной правкой в распоряжении редактора не было. Роман «Мастер и Маргарита» до сих пор не имеет канонического текста, и можно согласиться с бытующим мнением, что проблемы текстологии романа весьма серьезны и едва ли могут найти однозначное решение.
Журнал «Москва» № 11, 1966 и № 1, 1967
Роман «Мастер и Маргарита» в журнале «Москва» № 11, 1966
Роман «Мастер и Маргарита», издательство YMCA-Press, Париж, 1967
Роман «Мастер и Маргарита», издательство YMCA-Press, Париж, 1967
Роман «Мастер и Маргарита», издательство «Посев», 1969
Роман «Мастер и Маргарита», издательство «Художественная литература», 1973